囊腫通常通過穿過舌骨的單個或多個管道與盲腸連接。在組織學檢查中，導管內層是分層的鱗狀上皮或纖毛假複層柱狀上皮細胞，伴有粘液分泌腺。9囊腫含有特徵性粘液狀粘液。少於1％的組織具有惡性組織，最常見的是甲狀腺乳頭狀癌。感染的囊腫或鼻竇應首先治療感染。通常的感染途徑是通過口腔。因此，公共生物體是流感嗜血桿菌，金黃色葡萄球菌，和葡萄球菌表皮。可能需要吸針以解壓囊腫並識別出該生物，但應避免正式切開和引流。這可能會在囊腫外部植入導管細胞，並增加複發率。如果需要切口和引流，應放置切口，以便在感染清除後在正式的Sistrunk手術過程中可以完全切除切口。
如果在切除甲狀腺舌管囊腫時發現實性腫塊，應將其送去冷凍切片，以排除中位異位甲狀腺。如果是正常的甲狀腺組織，並且在正常位置還有其他功能性甲狀腺組織，則應進行Sistrunk手術並切除腫塊。如果抽脂沒有其他甲狀腺組織，則治療存在爭議。一種選擇是將組織留在原位或將其重新放置在帶狀肌肉中。
試圖防止患者永久性甲狀腺功能減退。但是，大多數患者仍需要甲狀腺激素治療以減少甲狀腺功能減退或控制異位甲狀腺的大小。因此，可能需要長期治療，並且可能惡性變性，一些外科醫生主張完全切除異位甲狀腺組織，而不管是否存在其他甲狀腺組織。